Die Rathenower Garnison mit dem I. und II. Infanterieregiment 68 und dem Panzerpionierbataillon 39 wird an allen Fronten eingesetzt. In der Schlacht um Stalingrad gehören beide Einheiten zur 6. Armee und werden vollständig vernichtet.

Am
01.09.1939
bricht der Krieg aus. Die Folgen sind Knappheit in allen Bereichen: Lebensmittelkarten, Kleiderkarten, Kohlenkarten, Verdunkelung.
Desweiteren zieht die Stadtverwaltung in das ehemalige Lyzeum um, Rathenow erhält ein neues Stadtwappen und die Stadtflagge wird weiß/rot.

1942
werden Bronzedenkmäler demontiert und zu Kriegszwecken eingeschmolzen, darunter die Denkmäler von Bismarck, Kaiser Wilhelm, Rosenberg.
Wegen der Papierknappheit erscheint die Havelzeitung in einem kleineren Format.

Am
01. Januar 1943
zählt Rathenow 38.583 Einwohner und 5.000 Mann der Garnision.

1943
wird ein Teil der Jahnschule ein Lazarett und beginnt der Bau von Luftschutzdeckungsgräben für 1.250 Bürger. In diesem Jahr werden die letzten in Rathenow verbliebenen Juden in Konzentrationslager oder Ghettos verbracht.

Am
24. Februar 1944
wird bei Rathenow eine Luftschlacht ausgetragen.

Am
22. März 1944
werden Sprengbomben über Rathenow-Nord abgeworfen, 7 Bürger werden dabei getötet.

Am
18. April 1944
erlebt Rathenow einen schweren 15 minütigen Luftangriff durch 80 amerikanische Flieger. Es fallen bei diesem Angriff 5.716 Bomben unterschiedlichster Art auf die Stadt. Nur 28 Bomben detonieren nicht. 54 Bürger der Stadt werden getötet, viele sind obdachlos. Zahlreiche Bauten werden zerstört, darunter das „Apollo-Theater“ in der Berliner Straße.

Am
25. April 1945
kommt es in Rathenow um 5:30 zum Feindalarm, russische Truppenteile dringen von Ketzin her in die Stadt ein. Nach einem schnellen Vorstoß der sowjetischen Truppen bietet dessen Führung von Bamme her eine kampflose Übernahme der Stadt an. Dieser Vorschlag wird von fanatischen Nazis abgelehnt, mit verheerenden Folgen...

Vom
25. April bis 06. Mai 1945
wird Rathenow von der Waffen-SS auf Befehl Keitels (im Nürnberger Kriegsverbrecherprozess zum Tode verurteilt) vom Weinberg aus sinnlos “verteidigt”. Da sich die Verteidiger auf die Altstadt und die westlichen Gebiete zurückziehen und somit das restliche Stadtgebiet preisgeben, bleiben Randgebiete der Stadt Rathenow wie der Friedrich-Ebert-Ring fast unversehrt, die Innenstadt dagegen wird fast vollständig zerstört. Bei heftigen Kämpfen sterben neben deutschen und sowjetischen Soldaten auch ca. 450 Einwohner. Die Ost/West-Achse der Stadt wird zu 90% zerstört. Die Gesamtzerstörung wird mit 70% angegeben. Am 04. April geht als trauriger Höhepunkt der Kämpfe nach heftigen Artillerieduellen  die Sankt-Marien- Andreas-Kirche in Flammen auf.

Am
08.05.1945
bedingungslose Kapitulation und die Bewohner kehren in die zerstörte Stadt zurück.

Der zweite Weltkrieg macht auch in das wirtschaftliche Leben einen tiefen Einschnitt.

Die optische Emil-Busch-AG ist zerstört, die Anlagen der Firma Nitsche und Günther sind zum Teil beschädigt. Im Oktober 1945 beginnen in beiden Werkteilen die Aufräumarbeiten.  Aus den Trümmern werden Maschinen und Geräte geborgen.

Im Zuge von Reparationszahlungen werden verbliebene Fabrikanlagen demontiert und abtransportiert.  Die optischen Großbetriebe werden enteignet, da sie sich an der Produktion von militärischem Gerät beteiligten.

Rathenow gehört nach der Beendigung des Krieges zur sowjetischen Besatzungszone Deutschlands.

„Trümmerfrauen“ und Bürger der Stadt beginnen mit der Beseitigung der Schuttmassen.

Das Kriegerdenkmal am Schulplatz wird niedergerissen.

Im
Juni 1945
befinden sich noch 8.600 Flüchtlinge aus Frankfurt/Oder, Lebus, Posen und Riga in der Stadt.